La Dirección General de Aeronáutica Civil tiene como objetivo primordial elevar constantemente el nivel de calidad de sus servicios. Esto se refleja en su Política de Calidad.

Para alcanzar sus objetivos es este sentido, ha implementado un Sistema de Gestión de Calidad desde el año 2003 bajo el estándar de la Norma Internacional ISO 9001:2000. Luego de un arduo trabajo a través del cual se mejoraron los procedimientos, el Departamento de Licencias de la Dirección de Seguridad Aérea fue el primero en obtener la certificación en el mes de Junio del año 2004. Este departamento recibió la Certificación ISO 9001:2000 para los Procedimientos de Otorgamiento y Supervisión de las Licencias Aeronáuticas, convirtiéndose en el primer Departamento de Licencias en la Región Latinoamericana en alcanzar tal distinción.

Luego en el año 2005, la Subdirección de Aeronavegabilidad, la Subdirección de Operaciones y el Departamento de Seguridad de la Aviación y Mercancías Peligrosas (AVSEC) , pertenecientes a la DSA, optaron por obtener la certificación y en el mes de Agosto lo consiguieron, con los siguientes procedimientos: Certificación de Explotadores Aéreos, de los Talleres Aeronáuticos de Mantenimiento y de las Empresas de Servicios Especializados Aeroportuarios; Certificación de Aeronaves: Expedición o Renovación de los Certificados de Aeronavegabilidad o Constancia de Conformidad; Vigilancia de la Seguridad Operacional de los Explotadores Aéreos, de los Talleres Aeronáuticos de Mantenimiento y de las Empresas de Servicios Especializados Aeroportuarios. El 14 de Setiembre se hizo la entrega oficial de la certificación bajo la Norma "ISO 9001:2000" a la Dirección de Seguridad de la DGAC.

El 13 de Mayo de 2007, se certificaron además los siguientes procedimientos: Verificación de Competencia del personal ATC; Elaboración de avisos NOTAM; Permiso de Operación para Servicio Nacional e Internacional de transporte aéreo; Inspección de los Servicios de Navegación; Otorgamiento y vigilancia de la capacidad Económico-Financiera para las empresas relacionadas al sector aeronáutico; Autorización y funcionamiento de Aeródromos, Certificación de Agentes Acreditados y, Propuesta, evaluación, modificación y aprobación de las Regulaciones Aeronáuticas del Perú (RAP). Asimismo, para el resto de procedimientos se logró la primera recertificación.

El 05 de Mayo del 2010, se ha culminado con éxito la auditoria que ha permitido a la DGAC ser recomendada para la segunda recertificación que a diferencia de la primera, también ha migrado el SGC a la nueva versión de la Norma ISO 9001:2008. Ha sido decisión de la DGAC retirar del alcance de la certificación para esta nueva etapa algunos procedimientos que por el momento se encuentran ligadas al proceso de armonización de las Regulaciones Aeronáuticas del Perú con las Regulaciones Aeronáuticas Latinoamericanas. Entre los estos están: Certificación de los Explotadores Aéreos; Certificación de los Talleres de Mantenimiento; Certificación de Aeronaves, expedición o renovación de los Certificados de Aeronavegabilidad o Constancias de Conformidad; Evaluación, Modificación y aprobación de las Regulaciones Aeronáuticas del Perú; Vigilancia de la Seguridad Operacional de los Explotadores Aéreos; y, Vigilancia de los Talleres Aeronáuticos de Mantenimiento

La meta de la DGAC es terminar de implementar un Sistema de Gestión de Calidad bajo la Norma ISO 9001:2008 en la totalidad de procedimientos existentes en la organización a fin de mejorar permanentemente para lograr procesos transparentes y óptimos en beneficio de la sociedad.

En el siguiente cuadro se puede apreciar cuáles son los servicios que ya cuentan con la Certificación:

Servicios de la DGAC Certificados bajo la Norma de Calidad ISO 9001: 2008  en el año 2010

Dirección de Línea	Coordinación Técnica	Servicio
DSA	AVSEC	Vigilancia de las Empresas De Servicio Especializado Aeroportuario
	Navegación	Verificación de Competencia de Personal ATC
		Elaboración de Avisos NOTAM
		Inspección de los Servicios de Navegación  Aérea
	Aeródromos	Autorización de Funcionamiento de Aeródromos
DCA	Certificaciones	Certificación de Agentes Acreditados Certificación de las Empresas de Servicios Especializados Aeroportuarios
	Permisos Nacional / Internacional	Permiso de Operaciones para Servicio Nacional e Internacional de Transporte Aéreo
	Económico / Financiera	Otorgamiento y Vigilancia de la Capacidad Económico- Financiera para empresas relacionadas al sector aeronáutico
	Licencias	Evaluación del Personal Aeronáutico; Otorgamiento y Supervisión de Licencias Aeronáuticas