El Dpto. de AVSEC y Mercancías Peligrosas tiene como finalidad mantener la seguridad de los aeródromos y de los explotadores aéreos nacionales y extranjeros que prestan servicios desde y hacia los aeródromos civiles de la República del Perú, con vuelos domésticos y extranjeros, en coordinaciones con entidades y organizaciones internacionales y nacionales.